COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-05 17:00:00 28.501281 21.910585 21.832303
2021-04-04 17:00:00 21.371322 21.371322 21.860010
2021-04-03 17:00:00 20.667230 20.667230 21.875475
2021-04-02 17:00:00 21.055057 21.055057 21.891382
2021-04-01 17:00:00 23.412765 23.412765 21.838763
2021-03-31 17:00:00 22.449849 22.449849 21.694028
2021-03-30 17:00:00 17.836899 21.422788 21.513662

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-05 17:00:00 20.000000 1.161369 14.372939
2021-04-04 17:00:00 26.937269 16.543665 14.897133
2021-04-03 17:00:00 12.661790 12.661790 15.485615
2021-04-02 17:00:00 21.632653 21.632653 16.184783
2021-04-01 17:00:00 19.710145 19.710145 16.385937
2021-03-31 17:00:00 19.076549 19.076549 16.529373
2021-03-30 17:00:00 8.533185 8.533185 16.568230

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-05 17:00:00 9.248555 21.183533 22.447204
2021-04-04 17:00:00 23.611111 23.611111 22.652179
2021-04-03 17:00:00 15.719064 15.719064 22.720996
2021-04-02 17:00:00 23.748212 23.748212 22.734668
2021-04-01 17:00:00 27.675841 27.675841 22.605066
2021-03-31 17:00:00 24.587459 24.587459 22.486834
2021-03-30 17:00:00 22.535211 22.535211 22.368186

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-05 17:00:00 16.402998 16.402998 13.752784
2021-04-04 17:00:00 20.118110 20.118110 13.724157
2021-04-03 17:00:00 12.434083 12.434083 13.734811
2021-04-02 17:00:00 13.255416 13.255416 13.671182
2021-04-01 17:00:00 14.277899 14.277899 13.677117
2021-03-31 17:00:00 12.192551 12.192551 13.583677
2021-03-30 17:00:00 11.312217 11.312217 13.448584

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-05 17:00:00 23.790013 15.728716 15.455917
2021-04-04 17:00:00 14.183764 14.183764 15.429754
2021-04-03 17:00:00 15.926767 15.926767 15.367234
2021-04-02 17:00:00 15.213372 15.213372 15.324900
2021-04-01 17:00:00 15.429821 15.429821 15.250508
2021-03-31 17:00:00 17.536534 17.536534 15.052591
2021-03-30 17:00:00 16.452254 15.055797 14.970024

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-05 17:00:00 83.688341 40.647972 45.511233
2021-04-04 17:00:00 44.293903 44.293903 46.087418
2021-04-03 17:00:00 50.881684 50.881684 46.400147
2021-04-02 17:00:00 47.780679 47.780679 46.898359
2021-04-01 17:00:00 47.170795 47.170795 46.885699
2021-03-31 17:00:00 34.935522 34.935522 46.497151
2021-03-30 17:00:00 36.669756 36.669756 46.382938

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-05 17:00:00 15.527950 15.527950 17.219153
2021-04-04 17:00:00 15.666514 15.666514 17.345957
2021-04-03 17:00:00 14.932276 14.932276 17.507153
2021-04-02 17:00:00 16.239316 16.239316 17.919345
2021-04-01 17:00:00 18.997361 18.997361 18.378144
2021-03-31 17:00:00 18.543046 18.543046 18.581898
2021-03-30 17:00:00 18.648310 18.648310 18.758408

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-05 17:00:00 24.310433 7.404122 8.449922
2021-04-04 17:00:00 7.798658 7.798658 8.603366
2021-04-03 17:00:00 7.710490 7.710490 8.686408
2021-04-02 17:00:00 10.559348 10.559348 8.767547
2021-04-01 17:00:00 9.579902 9.579902 8.853783
2021-03-31 17:00:00 9.402424 9.402424 8.873153
2021-03-30 17:00:00 7.902962 7.902962 8.903748

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-05 17:00:00 26.070039 26.070039 17.500763
2021-04-04 17:00:00 18.873110 18.873110 17.423502
2021-04-03 17:00:00 18.088871 18.088871 17.379539
2021-04-02 17:00:00 18.266254 18.266254 17.286820
2021-04-01 17:00:00 21.933889 14.396046 17.243941
2021-03-31 17:00:00 13.841706 13.841706 17.131054
2021-03-30 17:00:00 12.535247 18.171683 16.929868

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-05 17:00:00 27.401130 72.760291 40.867492
2021-04-04 17:00:00 35.597440 35.597440 40.256199
2021-04-03 17:00:00 37.420757 37.420757 39.839561
2021-04-02 17:00:00 34.953437 34.953437 39.489534
2021-04-01 17:00:00 34.865453 34.865453 39.119470
2021-03-31 17:00:00 35.458633 35.458633 38.622194
2021-03-30 17:00:00 44.753044 44.753044 38.110111

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-05 17:00:00 10.520231 10.520231 17.138889
2021-04-04 17:00:00 17.468902 17.468902 17.222382
2021-04-03 17:00:00 19.449110 19.449110 17.493893
2021-04-02 17:00:00 21.563432 21.563432 17.744417
2021-04-01 17:00:00 17.613020 17.613020 17.878631
2021-03-31 17:00:00 23.377752 23.377752 18.019251
2021-03-30 17:00:00 10.673077 10.673077 18.006956

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-05 17:00:00 6.040268 3.380282 5.398381
2021-04-04 17:00:00 7.259528 7.259528 5.324205
2021-04-03 17:00:00 5.871886 5.871886 5.392909
2021-04-02 17:00:00 9.717314 9.717314 5.451235
2021-04-01 17:00:00 7.003891 7.003891 5.312024
2021-03-31 17:00:00 3.074141 3.074141 5.245629
2021-03-30 17:00:00 0.892857 0.362319 5.244071

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-05 17:00:00 14.678899 3.487105 7.837200
2021-04-04 17:00:00 10.175879 10.175879 7.825244
2021-04-03 17:00:00 11.310452 11.310452 7.685157
2021-04-02 17:00:00 9.109449 9.109449 7.782098
2021-04-01 17:00:00 7.563025 7.563025 7.790736
2021-03-31 17:00:00 8.146640 8.146640 7.862292
2021-03-30 17:00:00 9.453782 9.453782 7.868558

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-05 17:00:00 24.096386 24.096386 43.950800
2021-04-04 17:00:00 47.206704 47.206704 44.104598
2021-04-03 17:00:00 38.837920 38.837920 44.999884
2021-04-02 17:00:00 42.696629 42.696629 45.993009
2021-04-01 17:00:00 54.054054 54.054054 47.196798
2021-03-31 17:00:00 52.380952 52.380952 48.774463
2021-03-30 17:00:00 44.954128 44.954128 49.401005

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-05 17:00:00 36.265223 9.984477 22.653179
2021-04-04 17:00:00 25.145580 25.145580 23.122617
2021-04-03 17:00:00 23.169935 23.169935 23.648906
2021-04-02 17:00:00 24.390857 24.390857 24.096687
2021-04-01 17:00:00 27.624546 27.624546 24.407947
2021-03-31 17:00:00 25.169770 25.169770 24.850537
2021-03-30 17:00:00 22.853985 22.853985 24.985647

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-05 17:00:00 31.903864 84.590009 46.882704
2021-04-04 17:00:00 67.889908 67.889908 47.163207
2021-04-03 17:00:00 53.846154 53.846154 46.200428
2021-04-02 17:00:00 37.150127 37.150127 45.235241
2021-04-01 17:00:00 46.323817 46.323817 44.453293
2021-03-31 17:00:00 36.488748 36.488748 43.158918
2021-03-30 17:00:00 24.494706 24.494706 42.019966

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-05 17:00:00 14.246725 7.306831 9.659415
2021-04-04 17:00:00 9.085795 9.085795 9.732481
2021-04-03 17:00:00 8.721085 8.721085 9.903420
2021-04-02 17:00:00 12.327339 12.327339 9.937632
2021-04-01 17:00:00 9.244140 9.244140 9.975040
2021-03-31 17:00:00 12.371134 12.371134 9.883717
2021-03-30 17:00:00 8.109177 8.109177 9.806073

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-05 17:00:00 55.090909 55.090909 43.537012
2021-04-04 17:00:00 63.397876 63.397876 38.066478
2021-04-03 17:00:00 57.843697 57.843697 33.746591
2021-04-02 17:00:00 64.079706 49.973781 29.693728
2021-04-01 17:00:00 60.471698 43.915094 26.419474
2021-03-31 17:00:00 57.610193 31.301653 23.733100
2021-03-30 17:00:00 NaN NaN 21.570258

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-05 17:00:00 21.946309 15.845700 14.962385
2021-04-04 17:00:00 18.644651 18.644651 14.796694
2021-04-03 17:00:00 14.300971 14.300971 14.601806
2021-04-02 17:00:00 14.523557 14.523557 14.437972
2021-04-01 17:00:00 14.721545 14.721545 14.304164
2021-03-31 17:00:00 14.959634 14.959634 14.065589
2021-03-30 17:00:00 13.846515 13.846515 13.863214

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-05 17:00:00 50.476190 21.595598 20.312725
2021-04-04 17:00:00 25.418060 25.418060 20.388991
2021-04-03 17:00:00 15.251799 15.251799 20.639867
2021-04-02 17:00:00 23.304562 23.304562 20.124340
2021-04-01 17:00:00 22.924901 22.924901 20.057169
2021-03-31 17:00:00 21.121252 21.121252 20.088872
2021-03-30 17:00:00 19.935691 19.935691 19.725490

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-05 17:00:00 84.269663 17.321016 20.046356
2021-04-04 17:00:00 35.915493 35.915493 20.223139
2021-04-03 17:00:00 19.750000 19.750000 20.205303
2021-04-02 17:00:00 24.210526 24.210526 20.108521
2021-04-01 17:00:00 11.158798 11.158798 20.130332
2021-03-31 17:00:00 13.080169 13.080169 20.214334
2021-03-30 17:00:00 13.571429 13.571429 19.697866

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-05 17:00:00 32.336821 32.336821 27.032074
2021-04-04 17:00:00 32.262456 32.262456 27.314644
2021-04-03 17:00:00 26.626917 26.626917 27.542759
2021-04-02 17:00:00 18.752992 18.752992 27.784915
2021-04-01 17:00:00 32660.000000 30.084746 27.841899
2021-03-31 17:00:00 43.932499 43.932499 28.015492
2021-03-30 17:00:00 20.113920 20.113920 28.363315

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 20.000000 1.161369 14.372939
Basilicata 9.248555 21.183533 22.447204
Calabria 16.402998 16.402998 13.752784
Campania 23.790013 15.728716 15.455917
Emilia-Romagna 83.688341 40.647972 45.511233
Friuli Venezia Giulia 15.527950 15.527950 17.219153
Lazio 24.310433 7.404122 8.449922
Liguria 26.070039 26.070039 17.500763
Lombardia 27.401130 72.760291 40.867492
Marche 10.520231 10.520231 17.138889
Molise 6.040268 3.380282 5.398381
P.A. Bolzano 14.678899 3.487105 7.837200
P.A. Trento 24.096386 24.096386 43.950800
Piemonte 36.265223 9.984477 22.653179
Puglia 31.903864 84.590009 46.882704
Sardegna 14.246725 7.306831 9.659415
Sicilia 55.090909 55.090909 43.537012
Toscana 21.946309 15.845700 14.962385
Umbria 50.476190 21.595598 20.312725
Valle d'Aosta 84.269663 17.321016 20.046356
Veneto 32.336821 32.336821 27.032074

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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